वरुणावत पर्वत के तलहटी में स्थित उत्तरकाशी शहर के पहाड़ी क्षेत्र में मस्जिद का निर्माण वर्ष 1969 में हुआ था। इसके लिए करीब 4 नाली और 15 मुठ्ठी भूमि एक समुदाय के लोगों ने अन्य समुदाय के लोगों को शामिल किया था, बाद में वर्ष 2005 में इस मस्जिद की जमीन को खारिज कर दिया गया था। लेकिन गत सितंबर माह में इस मस्जिद को लेकर विवाद शुरू हो गया। एक समुदाय के धार्मिक संगठन ने मस्जिद को अवैध तरीके से बंद कर दिया, जिला प्रशासन से इस संबंध में सूचनाधिकार में जानकारी की छूट दी गई।
जिला प्रशासन से आरटीआई में मिली जानकारी में संगठन ने इसे गैरकानूनी बताया शुरू कर दिया। हालाँकि बाद में जिला प्रशासन ने अधूरी जानकारी की बात कही। इस बीच अन्य समुदाय के लोगों ने भी मस्जिद के संबंध में जमीन से जुड़े दस्तावेज जिला प्रशासन को बेचे। इसके बाद कुछ समय तक विवाद शांत हो गया था।
फिर से प्रस्तावित जनाक्रोश रैली का समय निकट आ गया, यह विवाद बढ़ गया, बाद में गैट 21 को जिला प्रशासन ने एक प्रेस विज्ञप्ति जारी कर मस्जिद को सरकारी भूमि पर अवैध रूप से निर्मित होने की पूर्व संध्या पर जानकारी प्रसारित करने को लेकर स्थिति स्पष्ट की। की।
प्रशासन का कहना था कि यह मस्जिद सरकारी जमीन नहीं, बल्कि निजी जमीन पर बनी है। जो कि यूपी सरकार के मुस्लिम वक्फ विभाग के सरकारी बजट में भी शामिल है, लेकिन विरोध कर रहे संगठन ने इसे लांछित कर दिया।